با گسترش روزافزون صنعت داروسازی و ساخت داروهایی با عملکرد مشخص، انتقال آن به داخل سلول نیز از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. غشا سلول در برابر ترکیبات آب‌دوست غیر قابل نفوذ است و مکانیزم‌های انتقال اختصاصی برای نفوذ آن‌ها مورد نیاز است. بنابراین لزوم پیدا کردن راهی برای تسهیل عبور این داروها از غشا سلول مطرح است. در این بین پپتایدهای با قابلیت نفوذ به سلول نشان دادند که می‌توانند به عنوان حامل دارو مورد استفاده قرار گیرند چراکه توانایی عبور از غشا بدون نیاز به انرژی یا ریسپتور را دارا می‌باشند. در این پروژه به بررسی عبور یکی از این پپتایدها به نام پنتراتین از غشا سلول توسط شبیه‌سازی دینامیک مولکولی هدفمند با سرعت ثابت و با استفاده از روش دانه درشت مارتینی پرداخته شده‌است. ابتدا در یک شبیه‌سازی تعادلی جهت‌گیری پپتاید طی نزدیک شدن و نشستن بر روی غشا بررسی و نشان داده شد که برای بررسی فرآیند نفوذ آن به داخل سلول، نیازمند استفاده از دینامیک مولکولی هدفمند می‌باشیم. سد انرژی پیش‌روی این پپتاید برای نفوذ به داخل سلول و انتشار آن در داخل غشا بررسی شده‌است. در این پژوهش نشان داده می‌شود که تشکیل حفره آب برای نفوذ این پپتاید به داخل سلول باعث شکسته‌شدن سد انرژی و عبور آسان آن از غشا سلول می‌شود که با نتایج پژوهش‌های پیشین همخوانی دارد. همچنین میزان سد انرژی برای عبور این پپتاید از غشا 110 کیلوژول بر مول بدست آمد.

واژه‌های کلیدی: انتقال دارو، دینامیک مولکولی دانه درشت، دینامیک مولکولی هدفمند، محاسبه سد انرژی

متن کامل [PDF 894 kb]   (5716 دریافت)