دانشگاه تربیت مدرس مهندسی مکانیک مدرس 2476-6909 19 10 2019 09 23 Vancomycin Adsorption on Microcantilever Based on Molecular Dynamics Simulation جذب سطحی وانکومایسین روی ریزتیر با کاربرد زیست‌حسگری بر پایه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی 2481 2489 10787 FA فؤاد ملائی پژوهشگاه هوافضا، تهران، ایران پیمان علیپرست پژوهشگاه هوافضا، تهران، ایران ابوالقاسم نقاش دانشکده مهندسی هوافضا، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران Journal Article <span><span>Adsorption simulation of vancomycin antibiotic is done using molecular dynamics. The simulation results show the adsorption behavior of vancomycin on a functionalized biosensor. Regarding the importance of vancomycin, its molecular function is simulated using multiscale discipline. Adsorption to a single assembly monolayer is considered according to vancomycin’s in-vivo function. A selected biosensor is a non-symmetrically functionalized microcantilever which undergoes deformation as a result of changes in surface tension regarding functionalized surface. Multiscale simulations implemented to calculate microcantilever deformation. Molecular models in a vacuum and aquatic media are taken into account. Energy parameters related to surface tension is studied versus the distance of target molecules to the surface of the biosensor. To calculate the distance between receptor molecules in single assembly monolayer, an algorithm is proposed based on experimental results.</span></span><br> <span>فرآیند شبیه‌سازی جذب آنتی‌بیوتیک وانکومایسین توسط روش دینامیک مولکولی در این مقاله مورد بررسی قرار گرفته است. این فرآیند به تعیین رفتار جذب وانکومایسین به سطح فعال‌سازی‌شده یک حسگر زیستی منجر شده است. با توجه به اهمیت کاربرد آنتی‌بیوتیک‌ها در فرآیند درمانی آلودگی‌های میکروبی، در این مقاله، بررسی سازوکار مولکولی وانکومایسین با نگاه شبیه‌سازی چند مقیاسی به انجام رسیده است. با توجه به سازوکار عملکرد وانکومایسین، چگونگی اتصال یا جذب آن به یک چیدمان تک‌لایه مولکولی مد نظر قرار گرفته است. فرآیند جذب روی سطح یک حسگر زیستی شبیه‌سازی شده است. حسگر زیستی مورد نظر از نوع ریزتیر یکسرگیردار بوده که با تکمیل فرآیند جذب، با توجه به تغییر کشش سطحی تغییر شکل پیدا می‌کند. این تغییر شکل توسط روش‌های محاسباتی چند مقیاسی برای حالات تجربی متناظر به دست آمده است. برای بررسی دقیق متغییرهای این مساله، مدل‌های دینامیک مولکولی برای سطح حسگر حین جذب زیستی در حالات خلأ و محیط آبی حل شده است. چگونگی بررسی فرآیند جذب در غالب بررسی مقدار پارامتر انرژی متناظر با کشش سطحی با تغییرات فاصله مولکول هدف و سطح جذب بوده است. همچنین در تعیین فواصل چیدمان مولکولی لایه فعال سطح جاذب روی حسگر، الگوریتمی برای انتخاب چیدمان با توجه به کارهای تجربی مورد توجه قرار گرفته است. مقادیر کشش سطحی به‌دست‌آمده در محدوده کارهای تجربی به دست آمده است<span dir="LTR">.</span><br> https://mme.modares.ac.ir/article_10787_93d2641dc9b9bfc506986533d396cbfa.pdf