دوره ۱۶، شماره ۸ - ( ۸-۱۳۹۵ )                   جلد ۱۶ شماره ۸ صفحات ۳۸۳-۳۷۵ | برگشت به فهرست نسخه ها

‎ 20.1001.1.10275940.1395.16.8.19.6

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Mehrafrooz B, Shamloo A, Firoozbakhsh K. Mechanical behavior of actin monomers under axial tensile loads: A molecular dynamics study. Modares Mechanical Engineering 2016; 16 (8) :375-383
URL: http://mme.modares.ac.ir/article-15-4643-fa.html
مهرافروز بهزاد، شاملو امیر، فیروزبخش کیخسرو. مطالعه خواص مکانیکی پروتئین اکتین تحت بارگذاری کششی با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی. مهندسی مکانیک مدرس. ۱۳۹۵; ۱۶ (۸) :۳۷۵-۳۸۳

URL: http://mme.modares.ac.ir/article-۱۵-۴۶۴۳-fa.html

مطالعه خواص مکانیکی پروتئین اکتین تحت بارگذاری کششی با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
بهزاد مهرافروز۱ ، امیر شاملو* ۲، کیخسرو فیروزبخش۱
۱- دانشگاه صنعتی شریف - دانشکده مهندسی مکانیک
۲- دانشگاه صنعتی شریف
چکیده:   (۵۵۵۹ مشاهده)
اکتین فراوان‌ترین پروتئین درون یاخته‌ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می‌کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش‌های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار ATP و ADP وجود دارد. در همین راستا در این پژوهش رفتار مکانیکی هر دو فرم تکپار اکتین مطالعه شده است. با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی هدایت‌شده، تکپار اکتین تحت بارگذاری کششی قرار گرفته و تأثیر ضریب ثابت فنر مجازی دینامیک مولکولی هدایت‌شده بر رفتار مکانیکی اکتین بررسی شده است. نتایج شبیه‌سازی‌ها حاکی از است که با افزایش ضریب ثابت فنر مجازی دینامیک مولکولی هدایت‌شده، سختی معادل تکپار اکتین افزایش یافته در حالت اکتین ADP به 215.16 pN/Å و برای حالت ATP به 228.24 pN/Å همگرا می‌شود. همچنین نشان داده شد که تکپار اکتین ATP در بارگذاری کششی، رفتار سخت‌تری نسبت به تکپار ADP نشان می‌دهد. به‌منظور مطالعه دقیق‌تر رفتار تکپار ATP و ADP، تعداد پیوندهای هیدروژنی و انرژی غیر پیوندی میان این مولکول نوکلئوتیدی و پروتئین اکتین مطالعه شده است. صحه‌گذاری نتایج پژوهش بر مبنای مقایسه طول پایسته محاسبه شده و مطالعات گذشتگان، صورت گرفته است. طول پایسته محاسبه‌شده برای اکتین برابر 15.61 آنگستروم است که خطای قابل قبول 2.38 درصدی با مقادیر گزارش شده در مطالعات گذشتگان دارد.
واژه‌های کلیدی: اکتین، رفتار مکانیکی، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی هدایت‌شده، نانو مکانیک
متن کامل [PDF 655 kb]   (۶۶۴۹ دریافت)    
نوع مقاله: مقاله پژوهشی کامل | موضوع مقاله: بیو مکانیک
دریافت: 1395/2/18 | پذیرش: 1395/5/4 | انتشار: 1395/6/21
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.