۲۳۵ نتیجه برای شبیه‌ساز
دوره ۰، شماره ۰ - ( ۶-۱۴۰۳ )
چکیده
نانوورقهای آلومینیومی از جمله اجرایی هستند که کاربردهای مختلفی در زمینههای متنوع همچون تقویت مواد پایه سیمانی و بهبود عملکرد و کارایی بتن و ارتقا خواص مکانیکی و حجمی خاک رس دارند. در این مطالعه به بررسی پاسخهای مکانیکی نانوورقهای آلومینیومی تحت آزمون کشش و فشار تکمحوری با استفاده از روش دینامیک مولکولی پرداخته میشود. مدل اتمی در نظر گرفته شده برای نانوورق براساس مدل سهبعدی هسته آلومینیومی و پوسته اکسید آلومینیوم است که میتواند توصیف مناسبی از اکسیداسیون سطحی در نمونه داشته باشد. اندرکنش بین اتمی نیز براساس پتانسیل EAM+CTI محاسبه میشود تا مدلسازی دارای دقت خوبی بوده و تاثیرات اندرکنش الکترواستاتیک بین ذرات نیز در نظر گرفته شود. پس از ایجاد پیکربندی اولیه نانوورق، فرایند کمینهسازی انرژی صورت پذیرفته و نمونه تحت شرایط محیطی پایدار میگردد. سپس آزمون تکمحوری کششی و فشاری منطبق با شرایط آزمایشگاهی بر نمونه اعمال شده و نمودارهای تنش-کرنش نمونه تعیین میگردد. به منظور حذف اثرات دینامیکی ناشی از سرعت بالای بارگذاری، اعمال تغییرشکل بر نانوورق به صورت گامبهگام صورت میپذیرد. در این روش برای هر گام از بارگذاری، ابتدا تغییرشکل کمی به آرامی به نمونه اعمال شده، سپس نمونه تحت شرایط تغییرشکل یافته پایدار گردیده و در انتها مقادیر تنش و کرنش در نمونه ارزیابی میشود. شبیهسازی صورت گرفته با مقایسه با دادههای آزمایشگاهی صحتسنجی میشود. پس از تایید صحت مدلسازی، نانوورقها با ضخامتهای مختلف و درصدهای مختلفی از لایه اکسید تحت آزمون تکمحوری ارزیابی شده و نمودار تنش-کرنش آنها بررسی میگردد. نتایج حاکی از تاثیر زیاد ضخامت لایه اکسید بر رفتار مکانیکی نانوورق است، به طوری‌که با افزایش درصد لایه اکسید از ۱۵ تا ۶۰ درصد نمونه سخت‌‌تر شده و مدول یانگ آن از حدود ۷۵ به ۱۰۰ گیگاپاسکال افزایش مییابد. همچنین تاثیر نواقص نقطهایی نیز بر شیب نمودار تنش-کرنش بیانگر کاهش سختی با افزایش میزان حفرات بسیار زیر در نمونهها است.Top of Form
دوره ۰، شماره ۰ - ( ۶-۱۴۰۳ )
چکیده
برای جلوگیری از فرسایش و کاهش انرژی جنبشی در هنگام عبور جریان از روی سرریز یک سد، باید در انتخاب نوع سرریز دقت لازم را بکار برد. یک راه حل ممکن، استفاده از سرریز پلکانی به جای سرریز صاف (بدون پله) است. سرریز پلکانی از جمله سازههای هیدرولیکی شناخته شده است که به دلیل داشتن سطح ناهموار، تاثیر زیادی بر استهلاک انرژی جریان دارد. در این تحقیق، مدلهای عددی از سرریز پلکانی دارای شیب و پلههای مختلف برای بررسی شرایط جریان مورد بررسی قرار گرفت. برای شبیه سازی جریان روباز از نرم افزار ANSYS و مدل آشفتگی k-ε استفاده شد. میدان حل جریان تا رسیدن باقیماندهها به مقدار ۱۰-۷
ادامه یافت. در تحقیق حاضر، برای بررسی دقیق پدیده اختلاط دو فاز آب و هوا و رفتار سطح آزاد جریان، از شبیهسازی عددی و با کاربرد مدل Volume of Fluid (VOF) استفاده شد. در مقایسه با مدلهای سادهتر مانند Mixture که صرفاً بر اساس میانگینگیری از خواص دو فاز عمل میکند، مدل VOF با تفکیک دقیق فازها و در نظر گرفتن اثرات سطح مشترک، قادر به شبیهسازی دقیقتری از پدیدههایی مانند اختلاط سیالها، جریانهای توربولانسی و انتقال حرارت در جریانهای چندفازی است. بخشی از مشخصات هیدرولیکی که در طراحی سرریزهای پلکانی مدنظر قرار گرفت، شامل فشار بر روی سطوح پلهها، توزیع سرعت بر روی پلهها و استهلاک انرژی است. نتایج حاصل از شبیهسازی عددی با تعدادی از مدلهای آزمایشگاهی مقایسه شد و نتایج حاکی از انطباق قابل قبول مدل عددی با مدلهای فیزیکی بود. نتایج نشان داد که با افزایش دبی جریان و شیب سرریز، استهلاک انرژی جریان کاهش مییابد. در سرریز ۵ پلهای به ازای دبی ۰۶۳/۰ متر مکعب بر ثانیه، مقدار استهلاک انرژی در شیب ۶/۲۶ درجه از ۸۵ درصد به مقدار ۸۲ درصد در شیب ۴۵ درجه رسیده که کاهش ۳ درصدی را نشان میدهد. در یک سرریز با ارتفاع ثابت، با افزایش تعداد پله، مقدار استهلاک انرژی به دلیل کوچک شدن ابعاد پله کاهش مییابد.
دوره ۲، شماره ۲ - ( ۷-۱۳۹۱ )
چکیده
امروزه انرژی یکی از مهمترین شاخصههای اقتصادی است و تامین آن از ابزارهای سیاسی دولت ها به شمار میرود. با توجه به محدودیت منابع انرژی و روند روبه رشد بهای آن، اقدامات بسیاری در جهت کاهش مصرف آن انجام شده است. از آنجا که بیشترین میزان مصرف انرژی مربوط به بخش ساختمان است (حدود ۴۰ درصد از کل مصرف انرژی) و بخش عمده آن صرف سرمایش، گرمایش و تهویه می شود؛ راهکارهای طراحی غیرفعال، کمک قابل توجهی به کاهش مصرف انرژی می کنند. یکی از روش های تهویه غیرفعال در ساختمان، استفاده از دودکش خورشیدی است که عملکردی آن شبیه عملکرد بادگیر در غیاب باد است. بدین ترتیب که دودکش خورشیدی با کمک انرژی تجدیدپذیر خورشید و با به کارگیری پدیده اثر دودکشی در یک کانال هوا، تهویه مورد نیاز فضاهای مجاور خود را فراهم می کند. با توجه به اقلیمهای متنوعی که در ایران وجود دارد، به منظور مطالعه کارایی دودکش خورشیدی در اقلیمهای مختلف ایران، مدل دودکش خورشیدی متصل به یک اتاق فرضی، در چهار شهر به عنوان نمونه انتخاب شده از چهار اقلیم ایران بررسی شدند. به دلیل عدم دسترسی به نمونه های اجرا شده، شبیه سازی کامپیوتری به عنوان روش جایگزین برای مطالعات میدانی انتخاب شده است. نتایج ارائه شده، برگرفته از شبیه سازی با کمک نرم افزار انرژی پلاس است. در این تحقیق پس از مشخص شدن مناسبترین اقلیم برای استفاده از دودکش خورشیدی، عوامل دیگر موثر بر عملکرد دودکش خورشیدی در یک اقلیم خاص، بررسی می شوند.
دوره ۳، شماره ۱ - ( ۹- )
چکیده
در این مقاله ساختار جدید δ-doped LDD HMESFET را معرفی و شبیه سازی می کنیم. یکی از راههای افزایش سرعت حامل در کانال در مجاورت سورس ترانزیستور مسفت، استفاده از ساختار نا همگون HMESFET است؛ یعنی از سورس AlxGa۱-x As در مجاورت کانال GaAsاستفاده می شود. با افزایش x (در صد مولیAl ) می توان ناپیوستگی گاف نوار (ΔEG) در فصل مشترک سورس - کانال را افزایش داد و سرعت حامل را در ناحیه میدان ضعیف زیاد کرد. اما افزایش بیش از حد x، مراکز DX را افزایش داده موجب کاهش جریان می شود. لذا برای اجتناب از افزابش مراکزDX ، باید به روش دیگری روی آورد. رویکرد جایگزین پیشنهاد شده در این مقاله استفاده از لایه های نا خالصی دلتا گونه (δ-doping) در فصل مشترک سورس - کانال است. این کار موجب افزایش ناپیوستگی در گاف نوار در فصل مشترک سورس - کانال می شود. افزایشΔEG ، معادل افزایش درصد مولی Al است. در این مقاله با شبیه سازی ساختار پیشنهادی با درصد مولی Al کمتر از اندازه استفاده شده در ترانزیستور مرجع [۱]، نشان می دهیم که متوسط سرعت الکترون، بدون در نظر گرفتن مراکزDX ، در دو ترانزیستور برابر است.
دوره ۵، شماره ۰ - ( ۱۲- )
چکیده
در این مقاله به بررسی نقش خواص ذاتی مواد نیمرسانای مرکب، از جمله اختلاف انرژی بین دره‌های L و در ماده، جرم مؤثر حامل و همچنین فرایندهای پراکندگی برمشخصه‌های انتقال الکترون در کانال مِسفِت می‌پردازیم. به‌علاوه، تأثیر ساختار مِسفِت بر مشخصه‌های انتقال الکترون را در افزاره مطالعه می‌کنیم. برای بررسی این موضوع ساختار مِسفِت InGaAs تعبیه‌شده برروی بستر نیم‌عایق InP و ساختار مِسفِت InP را با روش مونت کارلو شبیهسازی کرده و نتایج حاصل را با نتایج به‌دست آمده از شبیهسازی ساختار مِسفِت GaAs مقایسه می‌کنیم. از بین این سه ترانزیستور، مِسفِت InGaAs بهترین مشخصه سرعت را از خود نشان میدهد. با هدف بهبود بیشتر مشخصه سرعت در ترانزیستور اخیر علاوه بر اضافه کردن لایه درین کم‌غلظت (LDD) در کنار درین، برای اولین بار سورس را با InP جایگزین می‌کنیم. این ساختار، بزرگترین مقدار متوسط سرعت الکترون را در سراسر کانال در مقایسه با سایر مِسفِت‌ها نتیجه میدهد
دوره ۵، شماره ۲ - ( ۶-۱۴۰۰ )
چکیده
اتیلن یک ماده بسیار مهم در صنایع پتروشیمی است که کاربرد اصلی آن در تولید پلیمرها از قبیل پلی اتیلن می‌باشد. معمولا از کراکینگ بخار اتان یا نفتا جهت تولید اتیلن استفاده میشود. مقدار کمی استیلن نیز در این فرآیند تولید میشود. مقدار استیلن در محصول نباید از
ppm ۱ تجاوز کند، زیرا استیلن برای کاتالیست‌های پلیمر سازی واحدهای پایین دستی مضر می‌باشد. واحد هیدروژناسیون استیلن جهت حذف استیلن در واحدهای صنعتی طراحی شده است. در این واحد، حذف استیلن تا حداکثر
ppm ۱ در محصول خروجی و همچنین انتخاب‌پذیری اتیلن (
Ethylene’s selectivity) از اهمیت ویژه‌ای برخوردار می‌باشد. در این مقاله مدلسازی و شبیهسازی پویای راکتورهای هیدروژناسیون استیلن پتروشیمی مارون با در نظر گرفتن کاهش فعالیت کاتالیست ارائه شده است. سپس به بررسی تاثیر شرایط عملیاتی از قبیل دما، فشار و شدت جریان خوراک ورودی به راکتور بر مقادیر استیلن خروجی و انتخاب‌پذیری اتیلن پرداخته شده است. نتایج شبیهسازی نشان میدهد که برای جبران کاهش فعالیت کاتالیست ضروری است تا به تدریج دمای ورودی به راکتور افزایش یابد. با افزایش خطی دمای خوراک راکتورها از ۵۵ تا ۹۰ درجه سانتیگراد در یک دوره عملیاتی ۷۲۰ روزه، مقادیر استیلن خروجی و همچنین انتخاب‌پذیری اتیلن کاهش می‌یابند. واکنش‌های استیلن به اتیلن و همچنین اتیلن به اتان با افزایش دمای ورودی به راکتورهای هیدروژناسیون استیلن افزایش می‌یابند. با افزایش شدت جریان خوراک از ۵۰ تا ۱۰۰ کیلوگرم بر ثانیه، مقادیر استیلن خروجی و انتخاب‌پذیری اتیلن افزایش می‌یابند. زمان اقامت با افزایش شدت جریان خوراک کاهش مییابد و این موجب کاهش تبدیل استیلن به اتیلن (افزایش استیلن خروجی در محصول) میشود. با کاهش فشار ورودی از ۴۰ تا ۳۳ بار نسبی، مقادیر استیلن خروجی و همچنین انتخاب‌پذیری اتیلن کاهش می‌یابند.
دوره ۶، شماره ۳ - ( ۵-۱۳۹۴ )
چکیده
همان‌گونه که از سوسور به بعد بر جای مانده است، معنای واحدها به شکل جوهره‌ای و ایجابی در خود واحدها نمی‌باشد، بلکه معنا اساساً جنبه‌ای افتراقی دارد. از این منظر همه بها به «ارتباط» داده میشود تا به تک‌‌تک واحدها یا واژه‌ها به شکلی مجزا. همین مسئله درباره سوژه («من»/ «ما») و هویت او نیز صدق میکند: سوژه نیز با «تفاوت»، خود را تعریف میکند و برای نائل‌آمدن به هویتی مشخص به دیگری («او») نیاز دارد. بر همین اساس، لاندوفسکی الگوی کلی را مطرح میکند که شامل چهار استراتژی گوناگون درباره وجوه متفاوت برخورد «خودِ» غالب ِمرجع (یک گروه غالب مرجع) با «دیگری» مغلوب است؛ الگویی که باید آن را به شکل ریشه‌ای برگرفته از «مربع معناشناسی» گرمَس دانست. این استراتژی‌ها عبارت‌اند از شبیهسازی، طرد، تفکیک و پذیرش هویتی. هدف اصلی این مقاله این است که نشان دهد می‌توان این الگو را در قلمرو ترجمه که فضای پر‌تنش برخورد زبان خود با زبان دیگری بیگانه است، پیاده کرد. اما پرسش اصلی این است که اساساً چگونه می‌توان الگوی هویتی لاندوفسکی را برای خوانش تازه‌ای از استراتژی‌های ترجمه به کار برد؟
دوره ۷، شماره ۲ - ( ۷-۱۳۹۵ )
چکیده
باکتریوردوپسین پروتئینی غشایی است که در هالوباکتریوم سالیناروم به عنوان پمپ پروتون وابسته به نور عمل میکند. این پروتئین شامل هفت زیرواحد مارپیچ آلفا (مارپیچ‌های A تاG )، یک صفحه بتا و یک کروموفور رتینال است. مطالعات نشان میدهد که پروتئین باکتریوردوپسین دارای خاصیت جذب امواج مایکروویو می‌باشد. یکی از رایج‌ترین و اصولی‌ترین روشهای مطالعه ماکرومولکول‌های زیستی شبیهسازی دینامیک مولکولی است. با استفاده از این روش می‌توان تغییرات و دینامیک ساختاری ماکرومولکول‌های زیستی و کمپلکس آنها را مطالعه کرد. در پروژه حاضر، از مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی استفاده شده است. پس از مرحله تعادل و جهت بدست آوردن ساختارهای یکدست تر در مرحله تولید، شبیهسازی به مدت ۱۵ نانوثانیه انجام شد، سپس به منظور بررسی مناطق مؤثر در جذب امواج مایکروویو شبیهسازی دینامیک مولکولی همراه با اعمال میدان الکتریکی به مدت زمان ۷۸۶ پیکوثانیه که برابر با مدت زمان تناوب یک موج سینوسی در طیف رادار می‌باشد، روی کل ساختار پروتئین انجام شد. در نهایت، تغییرات کنفورماسیونی حاصل مورد بررسی قرار گرفت تا مناطق موثر در جذب امواج تعیین شود. مطالعه انجام گرفته نشان میدهد که امواج مایکروویو در فرکانس ۸ گیگاهرتز و در بازه زمانی ذکر شده نمی‌تواند تغییرات ساختاری گسترده‌ای را در پروتئین ایجاد کند. از سوی دیگر تغییرات ساختاری برگشت‌پذیری در مناطق صفحه بتا و مارپیچ‌های D ، C و B تحت تأثیر میدان مشاهده گردید.
دوره ۸، شماره ۱ - ( ۱۰- )
چکیده
سیاست تجدید ساختار، موجب بروز تغییراتی در برخی مسائل مرتبط با قابلیت اطمینان سیستمهای قدرت شده است. این مقاله به ارزیابی قابلیت اطمینان تولید در بازار برق اشتراکی با استفاده از سیستمهای هوشمند می‌پردازد. همچنین، به‌دلیل رفتار تصادفی بازار و نرخ خروج اجباری واحدهای نیروگاهی، از شبیهسازی مونت کارلو استفاده میشود. در قابلیت اطمینان تولید، صرفاً تعامل بین مجموعه تولید و بار الکتریکی مد نظر است. لذا در این تحقیق، بر اساس نوع بازار و میزان تمرکز آن، حاشیۀ ذخیره و زمانهای آتی مختلف، نوعی سیستم عصبی - فازی برای ارزیابی قابلیت اطمینان تولید ارائه میشود که برای تمامی انواع بازار برق اشتراکی معتبر و قابل استفاده است. روش پیشنهادی بر روی شبکۀ آزمون IEEE-Reliability Test System آزمایش شده و شاخص‌های قابلیت اطمینان بازارهای مختلف، به‌ازای حاشیۀ ذخیره و سطوح متفاوت بار، ارزیابی می‌شوند.
دوره ۸، شماره ۲ - ( ۶-۱۳۹۷ )
چکیده
پژوهش‌های اخیر نشان داده است که بانک‌ها با شناسایی و تقسیم‌بندی مشتریان به گروه‌هایی با نیازها و الگوهای رفتارهای مشابه می‌توانند سودآوری خود را از ارائه خدمات و محصولات به‌شدت افزایش دهند و با شناسایی مشتریان مشابه، رفتار آنها را تحلیل و جهت کسب بیشترین مطلوبیت برای آنها، خدمات و محصولات خود را عرضه کنند. در این پژوهش براساس پنج ویژگی هریک از مشتریان شامل آخرین زمان مراجعه، تعداد تراکنش، مبلغ سپرده‌‌گذاری، مبلغ وام و مانده معوقات وام‌ها در طول یکسال فعالیت از پایگاه داده بانک استخراج شد و سپس به کمک الگوریتم کا میانگین مشتریانخوشه‌بندی شدند. سپس الگوی چندهدفه تخصیص خدمات بانک به هرکدام از خوشه‌‌‌ها طراحی شد. اهداف الگوی طراحی شده افزایش میزان رضایت مشتریان، کاهش هزینه‌ها و کاهش مخاطره تخصیص خدمات بود. با توجه به آنکه مسئله دارای یک راه‌حل بهینه نبوده و هر یک از ویژگی‌های مشتری دارای یک تابع توزیع احتمالی‌اند، برای حل از شبیهسازی استفاده شد. نتایج به دست آمده بهبود قابل توجهی از سطح ارائه خدمات و محصولات به مشتریان بانک را نسبت به وضعیت فعلی نشان داد. در این پژوهش از نرم‌افزارهای وکا و آر برای داده‌کاوی و ارنا برای شبیهسازی و بهینه‌سازی استفاده شد. از نتایج این پژوهش در توسعه و ساخت نرم‌افزار تحلیلی مشتریان در یکی از بانک‌های خصوصی کشور استفاده شد.
دوره ۸، شماره ۲ - ( ۶-۱۳۹۷ )
چکیده
شبیهسازی یکی از تکنیک‌های مناسب برای تحلیل و ارزیابی رفتار پویای سیستمهای پیچیده است. در این مقاله از یک مدل شبیهسازی که برای اعزام تجهیزات جابه‌جایی مواد در فرایند استخراج سنگ سولفید در مجتمع معدن مس سرچشمه توسعه داده شده است، استفاده میشود زیرا سیستم جابه‌جایی مواد و هزینه‌های مربوط به آن تأثیر به‌سزایی در هرینه‌های عملیاتی سیستم حمل و نقل در معادن ایفا میکند. در این مقاله تعیین مقدار بهینه تجهیزات جابه‌جایی در فرایند استخراج سنگ سولفید با استفاده از رویکرد بهینه‌سازی مدلهای شبیهسازی شبه‌مدل محور انجام شده است. در مرحله بهینه‌سازی، مدل رگرسیون چند جمله‌ای درجه دوم متناسب‌سازی شده که از راه شناسایی متغیرهای اثرگذار در سیستم با استفاده از طراحی آزمایش‌ها تقریب زده شده است، حل میشود. شبه‌مدل تقریب‌زده شده به‌خوبی قادر است نتایج شبیهسازی را تخمین بزند، بنابراین می‌توان اعتبار آن را نتیجه گرفت. یافته‌های این رویکرد بهینه‌سازی مدلهای شبیهسازی نتایج قابل قبولی را برای طراحی مجدد و کنترل فرایند استخراج به منظور افزایش بهره‌وری در اختیار مدیران مجتمع معدن مس سرچشمه قرار میدهد. نتایج به‌دست آمده از حل مدل پیشنهادی نشان میدهد که با استقرار ترکیب بهینه پیشنهادی می‌توان سطح میزان تولید در فرایند استخراج را حفظ کرد و علاوه بر آن ۸ درصد در هزینه‌های موجود کاهش ایجاد کرد.
محسن لوح موسوی، محمد بخشی جویباری، کن ایچیرو موری، محمود فرزین، سید جمال حسینی پور،
دوره ۹، شماره ۱ - ( ۹-۱۳۸۸ )
چکیده
دراین تحقیق، فرایند هیدروفرمینگ لوله با فشار داخلی نوسانی در قالب جعبهایشکل، به‌کمک روش اجزای محدود و به‌صورت سه‌بُعدی شبیهسازی شده و سازوکار بهبود پرشدگی گوشه قالب، تحلیل و بررسی شده است. همچنین جوابهای حاصل با نتایج آزمایشگاهی مقایسه و درستی نتایج حاصل از روش اجزای محدود نشان داده شده است. به‌منظور افرایش بهبود میزان پرشدگی گوشه قالب، بر اساس سازوکار به‌دست آمده برای بهبود پرشدگی گوشه با فشار نوسانی، مسیر فشار داخلی نوسانی جدیدی پیشنهاد شده و به‌کمک روش اجزای محدود و در آزمایش‌ها، نشان داده شده است که درصد پرشدگی گوشه قالب با استفاده از مسیر فشار نوسانی جدید افزایش مییابد.
کلید واژگان: هیدروفرمینگ لوله، فشار نوسانی، شبیهسازی اجزای محدود، بهبود پرشدگی گوشه قالب.
دوره ۹، شماره ۱ - ( ۱۰-۱۳۹۶ )
چکیده
اهداف: بیماری تخریب وابسته به سن ماکولا (AMD)، یکی از بزرگترین دلایل ازبین‌رفتن بینایی بعد از ۵۰سالگی در جهان است. بیماری AMD، سلول‌های رنگدانه شبکیه را تخریب میکند. مهندسی بافت شبکیه با استفاده از داربست‌های مختلف، محیط مناسبی برای رشد سلول‌های اپیتلیوم رنگدانه شبکیه فراهم میکند. این داربست‌ها ممکن است تغییراتی در فشار داخل چشم ایجاد کنند و در نتیجه باعث بیماری جدایش سلول‌های اپیتلیوم رنگدانه و شبکیه شوند. هدف پژوهش حاضر، شبیهسازی داربست‌های ژلاتین، ژلاتین- کیتوسان و پلی‌کپرولاکتون در شبکیه چشم و مقایسه گرادیان فشار و اثر ضخامت روی گرادیان فشار بود.
مواد و روش‌ها: در پژوهش تجربی حاضر، در مرحله اول، سه داربست ژلاتین، ژلاتین- کیتوسان و پلی‌کپرولاکتون برای بررسی متوسط میزان فشار داربست با نرم‌افزار COMSOL ۵.۱.۱ و قانون دارسی، شبیهسازی شدند. در مرحله بعدی داربست ژلاتین- کیتوسان با ضخامتهای ۱۰ و ۲۰میکرون با قانون دارسی، شبیهسازی شد تا اثر ضخامت روی متوسط فشار بررسی شود.
یافته‌ها: میزان فشار خروجی از داربست ژلاتین برابر با ۱۹۸۶/۳۰۸پاسکال محاسبه شد که از میزان فشار لایه کروئید کمتر بود و از میزان فشار خروجی سایر داربست‌ها هم مقدار کمتری داشت. متوسط فشار داربست ژلاتین- کیتوسان با ضخامت ۱۰ و ۲۰میکرون در گام زمانی آخر به‌ترتیب برابر با ۱۹۹۷/۳۱ و ۲۰۰۳/۱۳پاسکال بود.
نتیجه‌گیری: داربست ژلاتین، میزان متوسط فشار کمتری را نسبت به داربست ژلاتین- کیتوسان و پلی‌کپرولاکتون در شبکیه چشم ایجاد میکند و داربست مناسب‌تری نسبت به داربست‌های دیگر است. در شبیهسازی داربست ژلاتین- کیتوسان، افزایش ضخامت باعث افزایش فشار و ایجاد اختلال در شبکیه میشود.
دوره ۹، شماره ۱ - ( ۱۰-۱۳۹۶ )
چکیده
اهداف: پروتئین مسد، مهارکننده عمومی مسیر است و اثرات درمانی علیه سرطان پستان منفی سه‌گانه دارد. پپتید مشتق‌شده از ناحیه انتهای کربوکسیل مسد، مشابه با پروتئین، به‌عنوان مهارکننده عمل می‌نماید. هدف پژوهش حاضر، بررسی جایگاه احتمالی اتصال مسد و پپتید مشتق‌شده از انتهای کربوکسیل آن، روی دومین‌های بتا- پراپلر اول و دوم LRP۶ بود.
مواد و روش‌ها: پژوهش تجربی حاضر با شبیهسازی میان‌کنش بین مولکولی بدون پیش‌فرض و هدفمند، به‌ترتیب توسط دو ابزار تحت شبکه ClusPro و Haddock و شبیهسازی دینامیک مولکولی صورت گرفت. اتصال پروتئین مسد و پپتید آن روی LRP۶ بررسی و کمپلکس‌ها آنالیز ساختاری شدند.
یافته‌ها: سطوح وسیعی از پروتئین مسد در میان‌کنش با LRP۶ قرار داشت و سطوح درگیر پپتید بسیار کمتر بود. جهت‌گیری اتصال مسد به کمک‌گیرنده، از ناحیه انتهای کربوکسیل بود. محل اتصال پپتید و پروتئین روی LRP۶ ناحیه‌ای مشابه بین دومین‌های بتا- پراپلر اول و دوم این کمک‌گیرنده بود. نمودار RMSD و RMSF کمپلکس مسد و پپتید آن با دومین عملکردی اول کمک‌گیرنده LRP۶ تقریباً مشابه بود.
نتیجه‌گیری: محل اتصال لیگاندهای مسد و پپتید روی کمک‌گیرنده دقیقاً یکسان نیست، ولی شبیهسازی دینامیک مولکولی کمپلکس‌های منتخب، از الگوی مشترک مکانیزم مهار، در پپتید و پروتئین، با تاکید بر کنترل حرکت بین دومینی حکایت دارد. ناحیه درگیر در میان‌کنش هر کدام از لیگاندها، از لحاظ ساختاری نزدیک به ناحیه‌ای از کمک‌گیرنده است که دارای بیشترین انعطاف‌پذیری است. شبیهسازی میان‌کنش مولکولی پروتئین با کمک‌گیرنده، بیانگر نقش مهم ناحیه انتهای کربوکسیل در اتصال آن به LRP۶ است.
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱- )
چکیده
در این تحقیق عملکرد گوش انسان در تولید سیگنالهای اتوآکوستیک امیشن، با استفاده از مدل الکتروآکوستیکی جدیدی شبیهسازی شده است. محاسبات مدل در فضای حالت انجام و معادلات پیچیده دیفرانسیل مدل به کمک روشهای انتگرال عددی در محیط متلب حل شده و نتایج شبیهسازی با دادههای کلینیکی، مقایسه شده است. برای بررسی صحت مدل، منحنی زمان نهفتگی و طیف فرکانسی داده‌ها و خطای محاسباتی ناشی از حل عددی، مورد مطالعه قرار گرفته است. نتایج حاصل، گویای آن‌است که سیگنالهای شبیهسازی شده، مشابه سیگنالهای حقیقی است.
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
اﻫﺪاف: هدف قراردادن DNA در راس درمان‌های ضدسرطان قرار دارد. بنابراین داروهای متصل‌شونده به DNA و برهم‌کنش آنها با DNA بسیار مورد توجه محققان قرار گرفته‌اند. از آنجایی که متصل‌شونده‌ها به شیار کوچک DNA (MGBs) به‌عنوان ترکیبات ضدتوموری موثر و کارآمدی مطرح هستند، درک جزییات برهم‌کنش آنها با DNA ضروری به نظر می‌‍رسد. تاکنون مکانیزم عمل بسیاری از MGBها در سطح مولکولی مشخص نشده است.
ﻣﻮاد و روشﻫﺎ: در این مطالعه با انجام شبیه‌سازی‌های داکینگ و دینامیک مولکولی توسط نرم‌افزارهای AutoDock Vina و NAMD، نحوه اتصال سه مشتق متفاوت از دیستامایسین A (تالیموستاین، PNU۱۵۱۸۰۷ و بروستالیسین) با DNA بررسی و انرژی برهم‌کنش و الگوی اتصال آنها با یکدیگر مقایسه شد.
یﺎﻓﺘﻪﻫﺎ: هر سه دارو طی شبیهسازی به‌طور پایداری به DNA متصل شده و تغییرات ساختاری کمی را در مولکول DNA القا کرده‌اند. نتایج حاصل از تحلیل LigPlot نیز هم‌خوانی بسیار بالایی را با نتایج مربوط به تحلیل انرژی‌های برهم‌کنش توسط NAMD نشان داد و مشخص شد در کمپلکس‌های مربوط به هر سه ترکیب با DNA، نوکلئوتیدهای A و T بیشترین نقش را در ایجاد برهم‌کنش‌ها دارند.
ﻧﺘﯿﺠﻪﮔﯿﺮی: در کمپلکس‌های مربوط به هر سه ترکیب با DNA، نوکلئوتیدهای A و T بیشترین نقش را در ایجاد برهم‌کنش‌ها دارند که با سایر مطالعات و گزارش‌های موجود در مورد MGBها مطابقت دارد. مطالعه حاضر نشان داد که بروستالیسین در مقایسه با دو داروی هم‌خانواده خود که همگی از دیستامایسین A مشتق شده‌اند، پتانسیل بیشتری در برقراری برهمکنشهای قوی‌تر با مولکول DNA داشته و میتواند به‌عنوان کاندیدای موفق‌تری در درمان های ضدسرطان مطرح شود
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
یکی از پروتئین‌های غشای خارجی باکتری اشریشیا کلی (E. coli) OmpF است که امکان عبور یون‌ها را میسر می‌سازد. در سالیان اخیر روشهای متنوع تجربی و تئوری برای مطالعه این پروتئین مورد استفاده قرار گرفته است. در این مطالعه به منظور حفظ شرایط مرزی از دو غشای دولایه در یک جعبه شبیهسازی برای بررسی تغییرات کانال در حین عبور یون‌ها استفاده شده است. غلظت‌های یونی متفاوت در دو طرف غشا اعمال شده است تا شرایط شبیهسازی به شرایط واقعی باکتری بیشتر شباهت داشته باشد. در این شبیهسازی دو سیستم مشابه هم درون یک جعبه شبیهسازی قرار گرفته‌اند. برای بررسی بیشتر در این دو سیستم جهت‌گیری کانال پروتئینی نسب به شیب غلظت یونی در هر دو جهت اعمال شده است. در این تحقیق به بررسی اینکه در انتقال یونی جهت‌گیری ارجح برای این کانال وجود دارد یا خیر پرداخته میشود. آنالیزهای ساختاری برای پروتئین در دو جهت‌گیری نشان‌دهنده تفاوت بین دو کانال است همچنین الگوهای مربوط به بررسی‌های ساختار دوم با وجود پیک‌های مشابه در برخی نقاط متفاوت بود. نتایج بررسی اسیدهای آمینه درون گذرگاه و حفره درون کانال نیز برای ساختار انتهایی پروتئین دوم متفاوت از ساختار انتهایی پروتئین اول بود. همچنین عبور یون در پروتئین دوم مشاهده نشد. نتایج نشانگر این است که یکی از کانال‌ها که جهت‌گیری آن مشابه با جهت‌گیری واقعی این کانال در غشای باکتری است در طول این شبیهسازی ۱۰۰نانوثانیه‌ای باز و عبور یون از آن قابل مشاهده و پیگیری است، در حالی که کانال دیگر که جهت آن برعکس آنچه در طبیعت وجود دارد، بسته شده که نشان‌دهنده اثرات شیب غلظت یونی روی کانال است.
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
اهداف: مطالعه برهمکنشهای آنالیت- زیست‌پذیرنده در سطح مولکولی در راندمان طراحی زیست‌حسگرها نقش اساسی دارد. زیست‌حسگرهایی که از آپتامرها به‌عنوان پذیرنده زیستی استفاده می‌کنند، بسیار کارآمد بوده و دارای اختصاصیت بالا و قابلیت استفاده مجدد هستند. آپتاحسگرها می‌توانند در شرایط مختلف داخل بدن یا در شرایط آزمایشگاهی استفاده شوند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱-G و آپتامر anti-MUC۱ است.
مواد و روش‌ها: روش شبیهسازی دینامیک مولکولی برای بررسی تغییر برهمکنشهای مولکولی به‌علت تغییرات انتخابی در شرایط حلال، به کار گرفته شده است. نتایج میتواند برای منعکس‌کردن محیط‌های مختلف در آپتاحسگری که از آپتامر anti-MUC۱ S۲.۲ به‌عنوان زیست‌پذیرنده و از پپتید MUC۱–G به‌عنوان زیست‌شناساگر استفاده میکند، به کار گرفته شوند.
یافته‌ها: براساس انرژی‌های اتصال محاسبه‌شده، آپتامر anti-MUC۱ S۲.۲ بالاترین تمایل به پپتید MUC۱–G را در محیط ۰/۱۰مولار سدیم‌کلرید در میان غلظت‌های مطالعه‌شده سدیم‌کلرید نشان داده و اسیدآمینه آرژنین در اتصال پپتید-آپتامر نقش کلیدی ایفا می‌نماید.
نتیجه‌گیری: نتایج شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی نشان داد که افزایش غلظت حلال سدیم‌کلرید در محیط باعث کاهش انرژی‌های اتصال می شود و بنابراین تمایل اتصال آپتامر anti-MUC۱ به پپتید MUC۱–G با افزایش غلظت کمتر میشود. دیدگاه به‌دست‌آمده از مدلسازی حاضر انتخاب‌پذیری و حساسیت نسبت به شرایط حلال در مورد MUC۱ را نشان میدهد که در توسعه زیست‌حسگرها باید ملاحظه شود.
قاسم حیدری نژاد، عبدالله اسکندری ثانی، امین ذوالفقاری،
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۶-۱۳۸۹ )
چکیده
خاصیت خنثی خاصیتی است که فقط از میدان جریان اثر میپذیرد، بدون اینکه بر آن تأثیر بگذارد. در این مقاله نخست معادلات حاکم بر جریان آشفته حل شده و پدیده انتقال خاصیتی خنثی، در جریان آشفته دو بعدی، به‌صورت عددی مطالعه شده است. سپس با در دست داشتن مقادیر سرعت‌ها، معادله انتقال برای یافتن خاصیت خنثی حل میشود. برای حل جریان آشفته میدان سرعت، از روش شبیهسازی گردابه‌های بزرگ (LES) با مدل زیر شبکه از نوع اسماگورینسکی استفاده شده است. در بررسی اعتبار کد، جریان داخل حفره مبنای مقایسه بوده است. در محاسبات مربوط به پدیده انتقال برای خاصیت خنثی از روش LES توأم با مدل اسماگورینسکی استفاده شده تا سازگاری بیشتری بین نحوه حل معادلات سرعت و پدیده انتقال ایجاد شود، حل سه بعدی جریان آشفته مستلزم صرف زمان و هزینه زیادی است، لذا با استفاده از نوعی مدل دو بعدی، صرفه‌جویی مناسبی صورت می‌گیرد. در عوض، برای راست‌آزمایی مدل، عدد رینولدز جریان باید چنان انتخاب شود که فرض دوبعدی بودن جریان معتبر‌باشد. مقایسه نتایج عددی با مقادیر آزمایشگاهی در محدوده مدل دوبعدی، نشان‌دهنده دقت بالای روش پیشنهادی و سازگاری آن با حل عددی معادلات انتقال و مومنتم است. دقت نتایج حاصل، این امید را ایجاد میکند که بتوان انتقال گونه‌ها و نهایتاً شبیهسازی احتراق را با استفاده از روش گردابه‌های بزرگ ممکن ساخت.
قاسم حیدری نژاد، توحید صداقت،
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۶-۱۳۸۹ )
چکیده
در این تحقیق کاربرد مدلهای زیرشبکه اسماگورینسکی و دینامیکی موضعی در روش شبیهسازی گردابه‌های بزرگ مطالعه میشود. در مدلسازی مقیاس کوچک، به تعیین ضریب اسماگورینسکی نیاز است که در مدل اسماگورینسکی مقدار ثابتی بوده و به‌صورت تجربی انتخاب میشود. برخی مدلهای دینامیکی در راستای تخمین بهتر این ضریب توسعه یافته‌اند که مستلزم اعمال فیلتر عددی هستند. فیلتر مورد استفاده در متوسط‌گیری مکانی در این تحقیق، فیلتر گاوسی است. روش عددی، حجم محدود است و از الگوریتم سیمپل برای برآورد جمله فشار استفاده شده. برای کاهش بار محاسباتی با هدف انجام در کامپیوترهای شخصی، عدد رینولدز طوری انتخاب شده که جریان سیال را بتوان دوبعدی فرض کرد. مقایسه با نتایج آزمایشگاهی که عدد رینولدز آن در همین محدوده قرار دارد، بیانگر دقت بالای روش و مدل مورد استفاده است. بررسی‌های انجام شده نشان میدهد که گرچه مدل دینامیکی موضعی به‌دلیل محاسبه ضریب اسماگورینسکی برای هر نقطه، هزینه محاسباتی بیشتری دارد، اما به‌دلیل دقت بالاتر و استفاده از شبکه‌بندی بزرگ‌تر، هزینه محاسبات اضافی را می‌توان جبران کرد.
