جستجو در مقالات منتشر شده
۱ نتیجه برای نانو مکانیک
بهزاد مهرافروز، امیر شاملو، کیخسرو فیروزبخش،
دوره ۱۶، شماره ۸ - ( ۸-۱۳۹۵ )
چکیده
اکتین فراوان‌ترین پروتئین درون یاخته‌ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می‌کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش‌های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار ATP و ADP وجود دارد. در همین راستا در این پژوهش رفتار مکانیکی هر دو فرم تکپار اکتین مطالعه شده است. با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی هدایت‌شده، تکپار اکتین تحت بارگذاری کششی قرار گرفته و تأثیر ضریب ثابت فنر مجازی دینامیک مولکولی هدایت‌شده بر رفتار مکانیکی اکتین بررسی شده است. نتایج شبیه‌سازی‌ها حاکی از است که با افزایش ضریب ثابت فنر مجازی دینامیک مولکولی هدایت‌شده، سختی معادل تکپار اکتین افزایش یافته در حالت اکتین ADP به ۲۱۵,۱۶ pN/Å و برای حالت ATP به ۲۲۸.۲۴ pN/Å همگرا می‌شود. همچنین نشان داده شد که تکپار اکتین ATP در بارگذاری کششی، رفتار سخت‌تری نسبت به تکپار ADP نشان می‌دهد. به‌منظور مطالعه دقیق‌تر رفتار تکپار ATP و ADP، تعداد پیوندهای هیدروژنی و انرژی غیر پیوندی میان این مولکول نوکلئوتیدی و پروتئین اکتین مطالعه شده است. صحه‌گذاری نتایج پژوهش بر مبنای مقایسه طول پایسته محاسبه شده و مطالعات گذشتگان، صورت گرفته است. طول پایسته محاسبه‌شده برای اکتین برابر ۱۵.۶۱ آنگستروم است که خطای قابل قبول ۲.۳۸ درصدی با مقادیر گزارش شده در مطالعات گذشتگان دارد.
