دوره 16، شماره 1 - ( 1-1395 )                   جلد 16 شماره 1 صفحات 88-81 | برگشت به فهرست نسخه ها

‎ 20.1001.1.10275940.1395.16.1.38.1

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Ahmadi Toussi C, Soheilifard R. Evaluating elastic network models in prediction of conformational changes of proteins. Modares Mechanical Engineering 2016; 16 (1) :81-88
URL: http://mme.modares.ac.ir/article-15-11184-fa.html
احمدی طوسی سیروس، سهیلی فرد رضا. ارزیابی مدل های شبکه ارتجاعی در پیش بینی تغییرات ساختاری پروتئین ها. مهندسی مکانیک مدرس. 1395; 16 (1) :81-88

URL: http://mme.modares.ac.ir/article-15-11184-fa.html

ارزیابی مدل های شبکه ارتجاعی در پیش بینی تغییرات ساختاری پروتئین ها
سیروس احمدی طوسی1 ، رضا سهیلی فرد* 1
1- دانشگاه حکیم سبزواری
چکیده:   (4510 مشاهده)
تغییرات ساختاری پروتئین ها که در هنگام اتصال به لیگاند یا پروتئین های دیگر صورت می گیرد، نقش حیاتی در پدیده های بیولوژیکی ایفا می نماید. این گونه حرکات به صورت تجمعی و با فرکانس پایین بوده و آنالیز مود نرمال روش متداول جهت یافتن فرکانس ها و شکل مود ها می باشد. مطالعات گسترده ای جهت پیش بینی این حرکات با استفاده از مدل های مختلف پروتئین صورت گرفته است. از این میان، مدل های شبکه ارتجاعی با توجه به عدم نیاز به کمینه سازی انرژی پتانسیل و ساده بودن از مطلوبیت بالایی برخوردار است. با این وجود، تا کنون مطالعه جامعی در خصوص بررسی تاثیر پارامتر های مختلف این مدل ها در پیش بینی تغییرات ساختاری صورت نگرفته است. در این مطالعه تعداد 20 پروتئین با تغییرات ساختاری مشخص انتخاب شده و با ایجاد مدل های مختلف شبکه ارتجاعی، میزان موفقیت و اعتبار هریک در پیش بینی ساختار نهایی مورد بررسی قرار گرفته است. بر اساس نتایج این مطالعه سه مود اول هر مدل اغلب بیشترین نقش را در پیش بینی تغییرات ساختاری پروتئین ها ایفا می کنند. علاوه بر این، انتخاب شعاع حدی مناسب تاثیر بیشتری نسبت به تابع پتانسیل در مدل شبکه ارتجاعی دارد. همچنین نتایج حاصله نشان می دهد از میان مدل های مختلف در نظر گرفته شده، مدلهای غیر نمایی با شعاع حدی 10 آنگستروم با وجود محاسبات مقرون به صرفه تر از دقت بیشتری در پیش بینی تغییرات ساختاری برخوردار می باشند.
واژه‌های کلیدی: تغییرات ساختاری، مدل شبکه ارتجاعی، آنالیز مود نرمال، شعاع حدی
متن کامل [PDF 973 kb]   (5398 دریافت)    
نوع مقاله: مقاله پژوهشی کامل | موضوع مقاله: بیو مکانیک
دریافت: 1394/6/25 | پذیرش: 1394/8/23 | انتشار: 1395/9/28
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.