مهندسی مکانیک مدرس

مهندسی مکانیک مدرس

بررسی برهم‌کنش بین نانوعملگر پریفولدینی و محموله بیماری‌زای دیمر آمیلوئید بتا به روش دینامیک مولکولی

نویسندگان
1 دانشجوی کارشناسی ارشد- دانشگاه حکیم سبزواری
2 عضو هیات علمی- گروه مهندسی مکانیک-دانشگاه حکیم سبزواری
چکیده
بیماری آلزایمر شایع‌ترین نوع زوال عقل است. پپتید‌های آمیلوئید بتا نقش کلیدی را در آسیب‌شناسی بیماری آلزایمر عهده‌دار هستند و تحقیقات اخیر نشان داده است که الیگومرهای آمیلوئید بتا سمی‌ترین جز آن هستند. در بین الیگومرها، نوع دیمر با توجه به ماندگاری بالا در مقایسه با دیگر انواع، دارای اثرات سمی بیشتری می‌باشد. پریفولدین یک چپرون مولکولی است که از تجمع پروتئین‌هایی که اشتباه تاخورده‌اند جلوگیری کرده و نشان داده شده است که می‌تواند به‌عنوان یک نانوعملگر نیز ایفای نقش کند. در اینجا ما به بررسی برهم‌کنش بین نانوعملگر پریفولدینی و نانو محموله‌ بیماری‌زا دیمر در ابعاد مولکولی پرداختیم که بدین منظور شبیه‌سازی دینامیک مولکولی تمام اتم در محیط حلال صریح در دمای فیزیولوژیک انجام گرفت. بعد از تصویرسازی از نتایج و همچنین بررسی فواصل اتمی بین اتم‌های نانوعملگر و محموله بیماری‌زا مشخص شد که دو بازو از شش بازوی عملگر توانسته‌اند محموله را در برگیرند و با آن در طول مدت زمان شبیه‌سازی، پیوندهای هیدروژنی برقرار کنند. همچنین با بررسی اثرات آب‌گریزی بین آمینواسیدهای آب‌گریز در محموله و نانوعملگر مشخص شد آب‌گریزی تأثیر مثبتی در پایداری اتصال دو بازوی پیوند یافته با محموله داشته است. پژوهش حاضر، پریفولدین را به‌عنوان یک عامل مهارکننده برای الیگومر نوع دیمر از آمیلوئید بتا معرفی می‌کند که می‌تواند در درمان بیماری آلزایمر بسیار مؤثر باشد.
کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله English

Study of interaction between prefoldin nano actuator and amyloid beta dimeric pathogenetic cargo with MD simulation

نویسندگان English

Masud Keramati 1
Reza Hasanzadeh Ghasemi 2
چکیده English

Alzheimer is the most common form of dementia. Amyloid beta peptides play a key role in the pathology of Alzheimer and the recent surveys have demonstrated that amyloid beta oligomers are the most toxic component of them. Among oligomers, considering the high durability of dimer in comparison to other kinds, it has more toxic effects. Prefoldin is a molecular chaperone which prevents accumulation of misfolded proteins. Prefoldin is demonstrated that it can also operate as a nano actuator. In this article, we investigate the interaction between the prefoldin nano actuator and dimeric pathogenic nano cargo in molecular dimensions, hence the all-atom molecular dynamic simulation in explicit solvent were performed at physiological temperature. Visualizing the results and investigating the atomic distance between nano actuator and pathogenic nano cargo revealed that two arms of six arms of prefoldin nano actuator have been able to capture cargo and during the simulation they have made hydrogen bonds. Furthermore, investigating the hydrophobic effects between the hydrophobic amino acids in the cargo and nano actuator revealed that these effects have positively affected the stability of the binding between arms and the cargo. This article introduces the prefoldin as an inhibitor factor for dimeric oligomer from amyloid beta.

کلیدواژه‌ها English

Alzheimer Disease
Amyloid beta oligomers
Molecular chaperone
Prefoldin nano actuator
molecular dynamics